Alfred Kinsey recibió palos desde varios frentes a causa de los informes que publicó y todas las entrevistas que realizó, sobre todo desde el sector conservador. Objetivamente es verdad que cometió numerosos errores, pero su aporte a la sociedad fue enorme. Curiosamente la inquisición conservadora no pudo con él, fue la inquisición anti comunismo al comienzo de la Guerra Fría la que presionó a la fundación Rockefeller para que le retirara todos los fondos al Instituto Kinsey y retirara el apoyo a sus investigaciones.

Una de las críticas que recibió Kinsey en base a su primer libro, fue el haber dado por buenas las informaciones proporcionadas por pedófilos acerca de las conductas sexuales de menores de edad, y el no haber denunciado a estas personas a la policía. Este error Kinsey lo justificó alegando que él simplemente recogía datos y sería contraproducente desvelar sus fuentes, ya que pondría en entredicho la confidencialidad de sus entrevistas; además desde su punto de vista eran datos ineludibles que aportaban información.

Otra de las críticas que recibió fue el hecho de que por muchos miles de personas que entrevistara, entre ellos no aparecían reflejados ciertos sectores de la población, por ejemplo las personas de creencias religiosas más conservadoras, cuando a fin de cuentas ellos también son una parte importante del total de la población.

Por otro lado se le critica el que sus encuestas adolecen de rigor científico y con frecuencia dejan de lado la parte afectiva y emocional, se centran en lo puramente sexual, como si fuéramos animales que actúan por puro instinto, Kinsey no era ni sexólogo ni psicólogo, pero alega que él simplemente se dedicaba a recopilar datos, lo cual también es cierto.

El caso es que tras su muerte se revisaron los datos y resultados de sus encuestas, y a pesar de los errores, el margen de los resultados variaba mínimamente y por tanto sus informes de la época se podrían dar por válidos. Hoy en día se considera que la mejor opción para realizar este tipo de estudios no es la entrevista en persona como pensaba Kinsey (que dedicaba al menos 1 hora a cada entrevistado), sino mediante la recopilación de cuestionarios anónimos ya sea en papel o mediante el uso de ordenadores, ya que al parecer han demostrado que mejora la sinceridad en la respuesta.